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科室導(dǎo)航

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衡量腫瘤生物樣本庫對腫瘤研究的作用:替代指標(biāo)與評估結(jié)果編制(全文)

發(fā)布時間:2018-12-21 瀏覽:13411次 來源:

? ? 生物樣本庫,尤其是醫(yī)院一體化的腫瘤生物樣本庫(HITB)的數(shù)量在全球不斷增加。眾多科學(xué)研究特別是轉(zhuǎn)化及臨床研究對人類生物資源需求日益增加,使得生物樣本庫得到快速發(fā)展。科研結(jié)果的穩(wěn)定性及可重復(fù)性更多地依賴于生物標(biāo)本及相關(guān)臨床數(shù)據(jù)的質(zhì)量。研究結(jié)果還取決于所研究的患者例數(shù)以及生物樣本庫的專業(yè)性。生物樣本庫的質(zhì)量,毫無疑問體現(xiàn)在利用生物樣本庫提供的生物樣本開展科研項目的數(shù)量和質(zhì)量。由于研究項目的質(zhì)量可以由發(fā)表文章的影響因子來衡量,這也為研究生物樣本庫的質(zhì)量提供了一個參考。對生物樣本庫來說,我們有必要定義一些“替代”的質(zhì)量評價指標(biāo),建立衡量當(dāng)前和未來資源需求的評價系統(tǒng)。這些指標(biāo)將有助于研究機(jī)構(gòu)和資助方對生物樣本庫進(jìn)行切實(shí)可行的評估,有助于生物樣本庫實(shí)現(xiàn)自身的價值,提高自身的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn),獲取資金資助。鑒于生物樣本庫需要昂貴的設(shè)施維護(hù),特別是鑒于當(dāng)前的經(jīng)濟(jì)環(huán)境,資金問題就顯得尤為重要。性能指標(biāo)的利用也有助于生物樣本庫的影響因子或“生物資源研究影響因子(BRIF)”的發(fā)展。由此我們評價了用于評估HITB的四大類指標(biāo)(質(zhì)量,效能,科學(xué)產(chǎn)出以及“關(guān)注度”)。此外,我們還提出了一個評分系統(tǒng)來衡量選定的指標(biāo)。

? ? 介紹

? ? 鑒于歐洲及世界其他地區(qū)生物樣本庫的巨大數(shù)量以及各國研究機(jī)構(gòu)之間競爭,因此利用一些指標(biāo)來評價樣本庫在多大程度上能夠滿足不同個人或公共平臺的需要是非常重要的。醫(yī)院一體化腫瘤生物樣本庫(HITB)可以提供單純的生物標(biāo)本或者提供一系列用于特定研究的樣本,這些特定研究包括用于更好地理解疾病病理生理學(xué)特征,驗(yàn)證新的診斷,預(yù)后和/或治療方法的生物標(biāo)志物等。在這方面,越來越多研究需要附帶臨床數(shù)據(jù)的高質(zhì)量的生物資源,這些科研需求也要求HITBs在生物樣本提交申請和生物樣本發(fā)放之間具有較短的周期。

? ? 這篇文章的目的是評估幾個潛在的可用的指標(biāo),衡量它們作為HITB評估工具的優(yōu)點(diǎn)和注意事項。由不同利益共享者和投資機(jī)構(gòu)建立與常規(guī)使用的生物樣本庫性能指標(biāo)可以優(yōu)化HITB操作,確保其可持續(xù)性。

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? ? HITB績效指標(biāo)的分類

? ? 為了覆蓋HITB操作的各個方面,我們已經(jīng)從相關(guān)因素中確立了四大類別的績效指標(biāo),包括:1)質(zhì)量;2)收集活動;3)科學(xué)產(chǎn)出;4)對外傳播和交流。根據(jù)它們對生物樣本庫管理潛在價值和重要性,進(jìn)行主觀評分(系數(shù))分配給四類的每一項。在此所列項目不是全部內(nèi)容,將來根據(jù)HITB的發(fā)展策略方向可包含更多其他標(biāo)準(zhǔn)。為了對生物樣本庫不同的任務(wù)和發(fā)展方向進(jìn)行可比性的評估,評分系統(tǒng)需要進(jìn)行不斷調(diào)整。一方面是生物樣本庫單純地為個人或公共平臺提供服務(wù),另一方面是生物樣本庫在開展科學(xué)項目以及開展自己的研究中發(fā)揮積極作用。根據(jù)其內(nèi)部組織、動機(jī)和業(yè)務(wù)計劃,一個HITB可以具備一個方面的功能或兩者兼?zhèn)洹:饬縃ITB在研究工作中貢獻(xiàn)的程度和比例很重要。生物樣本庫除了“簡單”地提供生物資源,還包括進(jìn)行一些分析測定和實(shí)驗(yàn),收集和更新臨床數(shù)據(jù)并最終解釋實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。對于HITB與其他醫(yī)院的資源科室(例如,病理科與分子診斷部門)之間建立合作關(guān)系的程度和質(zhì)量以及其他致力于研究活動的資源科室和部門也需要進(jìn)行評估。

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? ? 質(zhì)量相關(guān)指標(biāo)

? ? HITB質(zhì)量的性能指標(biāo)和每個指標(biāo)相應(yīng)的得分點(diǎn)(系數(shù))都列在表1中。

? ? 表1:生物樣本庫績效指標(biāo)與質(zhì)量

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? ? 樣品質(zhì)量

? ? 冷凍組織樣品的形態(tài)學(xué)質(zhì)量是一個重要的參數(shù)。這一點(diǎn)顯示出病理學(xué)家和生物樣本庫管理者之間的緊密協(xié)作的必要性。冷凍組織是形態(tài)學(xué)控制質(zhì)控收集的代表。我們使用不同生化和/或分子生物學(xué)方法來分析來自于特定目標(biāo)的病變組織樣本。這對于“組學(xué)”項目進(jìn)一步的發(fā)展是尤為重要的,因?yàn)椴煌哪[瘤細(xì)胞的相對比例,間質(zhì)細(xì)胞和炎癥細(xì)胞浸潤,以及壞死的存在等結(jié)果會引起組學(xué)結(jié)果產(chǎn)生較大變異。組織樣品的形態(tài)學(xué)評估可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)室實(shí)際情況采取不同方法來完成,每種方法都有的各自優(yōu)缺點(diǎn)。一種方法是,以甲醛固定,石蠟包埋(FFPE)與冷凍組織鏡像的組織樣品,并進(jìn)行染色切片由生物樣本庫評估和歸檔。這種方法的缺點(diǎn)是,F(xiàn)FPE組織樣品可能不能夠準(zhǔn)確地代表整個冷凍組織標(biāo)本。然而,該方法允許在全部和二級組織芯片進(jìn)行平行的免疫組化研究。為了高質(zhì)量收集與保存組織樣本,可以將FFPE組織塊保存于4℃環(huán)境,這對于長期的分子生物學(xué)分析來說,或許是很好的做法。

? ? 另一種方法是冷凍前對組織標(biāo)本執(zhí)行印記細(xì)胞學(xué)檢測。這種方法可以在冷凍之前快速檢查腫瘤病灶是否真的存在足夠數(shù)量的腫瘤細(xì)胞。然而,由于印記不能體現(xiàn)組織結(jié)構(gòu),因此形態(tài)學(xué)質(zhì)量控制不完全可靠。此外,使用該方法時具有組織樣本外部污染的潛在風(fēng)險。

? ? 最后,另一種方法是提取核酸和/或蛋白質(zhì)之前立即切下選定的組織的冰凍切片。這種方法也被稱為“三明治技術(shù)”,因?yàn)橛糜谛螒B(tài)學(xué)分析的組織切片必須與要提取核酸和/或蛋白質(zhì)的樣本來源同一份組織標(biāo)本。對冷凍組織來說,這種方法是非常好的形態(tài)學(xué)(腫瘤細(xì)胞的百分比,壞死的區(qū)域,基質(zhì)成分)質(zhì)控方法。然而,這會引起整個的冷凍組織樣品溫度產(chǎn)生變化,- 80℃或以下上升到至少- 20℃(中低溫恒溫器的溫度)。如果組織標(biāo)本的其余部分需要返回到較低溫度保存以用于未來研究,那么這可能是這種質(zhì)控方法的一個缺點(diǎn)。此外,使用此程序會產(chǎn)生外部污染。無論實(shí)驗(yàn)室采用哪一種形態(tài)學(xué)質(zhì)控方法,最重要的是通過軟件獲得對應(yīng)組織學(xué)影像,這樣可以對來同一塊冷凍組織獲得的生化和/或分子數(shù)據(jù)進(jìn)行形態(tài)學(xué)比較。通過“促進(jìn)研究質(zhì)量的組織學(xué)報告,(BRISQ)”的建議,關(guān)于顯微鏡下組織學(xué)形態(tài)的標(biāo)準(zhǔn)已經(jīng)建立。

? ? 評估從冷凍的生物樣本提取的核酸的質(zhì)量也是非常重要的。DNA比RNA或蛋白的更'耐受熱或冷缺血的時間以及福爾馬林固定。需要注意的是,即使分析前時間不是最佳的,但某些DNA樣品依然可以成功地用于檢測腫瘤樣品中的基因組的改變。相反,其他研究項目,特別是那些使用RNA的研究項目,需采用高品質(zhì)冷凍生物標(biāo)本完成,RNA的質(zhì)量必須用生物分析儀檢測。廣泛認(rèn)為大多數(shù)轉(zhuǎn)錄研究中組織標(biāo)本的RNA完整性數(shù)(RIN)必須大于7。然而,這種設(shè)定也是疑問的,因?yàn)槟承┠[瘤病癥通常存在壞死區(qū)域或具有大量低氧細(xì)胞,所以以RIN值等于7來判斷可能不適合某些人體組織標(biāo)本。RIN值高于7僅代表RNA質(zhì)量高,但一個較高RIN值即使手術(shù)切除之前也不能反映大多數(shù)腫瘤的“質(zhì)量狀況”的真實(shí)狀態(tài)。鑒于此,一些組織腫瘤樣品(例如,肺,胰臟,和中樞神經(jīng)系統(tǒng))即使冷凍前只有短暫缺血時間也會具有非常低的RIN。無論研究項目的要求是什么,HITB能夠證明他們的樣品的不同分析前步驟和參數(shù)的有效性和管理,記錄冷缺血時間,如果可能還包括熱缺血,冷凍的時長,石蠟包埋之前福爾馬林固定的時間,和歸檔周期的時間是很關(guān)鍵的。

? ? 可提供的標(biāo)本和組織的數(shù)量也是一個質(zhì)量指標(biāo),凍存管中冷凍組織樣品的總重量應(yīng)在提供生物標(biāo)本進(jìn)行研究項目之前進(jìn)行評估。所有冷凍管組織標(biāo)本應(yīng)在冷凍前用精密天平進(jìn)行測量。在這方面,為了更好地控制生物樣本分發(fā)的數(shù)量,許多HITBs只提供提取好的核酸和/或蛋白質(zhì)給申請者。

? ? 不同來源的可用的生物樣本如組織(冷凍和/或FFPE);核酸(體細(xì)胞和生發(fā)DNA,RNA,微小RNA)和蛋白質(zhì);生物體液(全血,血漿/血清,胸膜液,尿液,唾液液等);和/或來自相同患者隊列的原代細(xì)胞培養(yǎng)等可以為研究項目提供附加值。例如,針對生物標(biāo)記的發(fā)現(xiàn)和/或驗(yàn)證的項目可以從組織和體液標(biāo)本獲得的數(shù)據(jù)。此外,從相同群體的病人中獲得冷凍和固定的組織(以及組織芯片)可用于驗(yàn)證蛋白的表達(dá)。最后,在HITB發(fā)展原代細(xì)胞培養(yǎng)對使用小鼠異種移植物模型的臨床前研究項目或在體外細(xì)胞藥物毒性檢測起到重要作用。然而最重要的是我們要有最佳生物樣本質(zhì)量控制方法。

匹配冷凍的“正常”組織(或至少匹配非腫瘤組織)與腫瘤組織生物樣本一起經(jīng)常用于轉(zhuǎn)錄研究。這種對照組織的可用性是HITBs另一個質(zhì)量指標(biāo)。

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? ? 相關(guān)臨床數(shù)據(jù)的質(zhì)量

? ? 除了為了校準(zhǔn)和生物測試評估或驗(yàn)證而發(fā)展的技術(shù)項目,所有的轉(zhuǎn)化和臨床研究項目需要與臨床,病理學(xué)和/或生物數(shù)據(jù)與生物資源相關(guān)聯(lián)。對于腫瘤組織標(biāo)本,病理資料可涉及到大體形態(tài)和/或組織學(xué)結(jié)果(特別是pTNM分期,根據(jù)不同的不斷更新的WHO對每個器官定義的分類來確定分期)。對于組織形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù),最小數(shù)據(jù)集應(yīng)包括腫瘤的類型(根據(jù)腫瘤的最新國際分類)及編碼(CIM-10和CIMO)。一個轉(zhuǎn)換碼表必須可獲得并且可被生物樣本庫軟件應(yīng)用,可以用于在國家層面。腫瘤細(xì)胞的百分比和壞死區(qū)的百分比要進(jìn)行標(biāo)注。

? ? 對于一些項目,與腫瘤相關(guān)的基因組改變(突變,易位等)的狀態(tài)應(yīng)當(dāng)予以記錄并公布。

? ? 生物資源相關(guān)聯(lián)的最小數(shù)據(jù)集必須包括基本的人口統(tǒng)計信息(年齡,性別,出生地點(diǎn)),可提高收集的補(bǔ)充臨床資料以及可能與樣本的病理相關(guān)的信息。例如,這個補(bǔ)充的數(shù)據(jù)可包括父母出生地或患者種族(根據(jù)本國家法律規(guī)定);針對某種特異的病理臨床數(shù)據(jù)(例如,肺癌病人工作暴露情況或吸煙狀態(tài));關(guān)于患者隨訪中獲得的信息(例如,特定疾病的生存,總生存期,無進(jìn)展生存);以及接受的不同的治療方法。

? ? 通過一個的可用性集成,安全和可搜索的數(shù)據(jù)庫(包括安全進(jìn)入密碼系統(tǒng)和和一個安全的服務(wù)器環(huán)境)獲得患者特異性信息將提高HITB的功效。

? ?用于數(shù)據(jù)記錄和相關(guān)聯(lián)的質(zhì)量管理系統(tǒng),尤其是用于臨床隨訪和生物學(xué)數(shù)據(jù)的動態(tài)系統(tǒng),對確保持后續(xù)數(shù)據(jù)更新是很關(guān)鍵的。此外,即使獲取報告和其它質(zhì)量的數(shù)據(jù)也必須被整合到這一系統(tǒng)中。

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? ? 倫理

? ? 普遍認(rèn)為利用人類的生物資源研究項目之前必須要獲得知情同意是。一般正歸程序是在使用前患者樣本進(jìn)行研究前需要獲得相應(yīng)的知情同意,這是良好實(shí)踐的重要指標(biāo)。這一要求最近僅僅在某些國家(例如,法國)討論實(shí)施,遺憾的是,這個做法并不是所有的國家是強(qiáng)制性的。此外,在這一領(lǐng)域的法律正在迅速發(fā)生變化;自2004年以來,在法國已經(jīng)強(qiáng)制性要求研究者進(jìn)行生物標(biāo)本的研究之前需要向患者提供詳細(xì)信息。此外,患者可以拒絕允許使用他/她的生物資源進(jìn)行研究。在一些國家可以允許研究項目通過正式倫理審查后獲得豁免同意使用標(biāo)本以及獲得后續(xù)研究的知情同意。當(dāng)然,在某些情況下病人不能給予同意書(例如,尸檢)。

? ? 知情同意程序的成功率是重要的績效指標(biāo),也應(yīng)對用獲得知情同意策略進(jìn)行評估。

? ? 在簽署知情同意書的安全的地點(diǎn)進(jìn)行知情同意書的文件的正規(guī)收集和保存:紙質(zhì)的簽署文件至少有兩份,必須被存儲在不同的位置和/或掃描并在醫(yī)院安全數(shù)據(jù)庫記載。使用生物標(biāo)本的研究項目前檢查該知情同意書。

? ? 在知情同意的文件所用的術(shù)語必須是適當(dāng)?shù)模瑧?yīng)該由醫(yī)院倫理委員會進(jìn)行檢查。盡管這在某些國家存在爭議,但某些研究項目中使用廣泛同意書的是可以的。

? ? HITB必須具備保護(hù)患者的個人數(shù)據(jù)能力,在與合作伙伴共享的生物和臨床資料時不會泄露病人身份。

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? ? 其他影響質(zhì)量參數(shù)

? ? 企業(yè)研究合作方通常要求了解握患者的風(fēng)險狀況包括:人類免疫缺陷病毒,B型肝炎和C型肝炎病毒感染等。然而,由于醫(yī)院不強(qiáng)制所有住院患者進(jìn)行病毒血清學(xué)檢測,這需要研究項目增加一些額外費(fèi)用來檢測。

? ? 全部或部分樣品備份存在一個與主生物樣本庫位置不同的地點(diǎn)也被認(rèn)為是評估指標(biāo)。罕見腫瘤的樣品備份尤為重要。如果HITB具有不同樣品備份庫,備份庫也需要與主樣本庫具有相同水平資質(zhì)認(rèn)證。例如,在法國,HITBs需根據(jù)NFS96-900認(rèn)證體系認(rèn)證。

? ? 對于樣本申請和轉(zhuǎn)交期間的生物標(biāo)本定位的易用性、產(chǎn)生于周轉(zhuǎn)期間的關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)也需要加以評價。

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? ? 系數(shù)

? ? 表1中的每個類別的指標(biāo)(系數(shù))分?jǐn)?shù)可以被任意指定。例如,一個樣品的質(zhì)量得到了20分。這表明,我們建議在對DNA質(zhì)量,RNA質(zhì)量,樣品數(shù)量,形態(tài)學(xué)質(zhì)量和所有其質(zhì)量類別中的其他質(zhì)量評估,應(yīng)得到一個滿分20分的總體評分。我們認(rèn)為對知情同意倫理的標(biāo)準(zhǔn),也應(yīng)至少與該生物標(biāo)本的內(nèi)在質(zhì)量指標(biāo)有相同的系數(shù)。

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? ? 樣本收集的相關(guān)指標(biāo)

? ? HITB樣本收集的指標(biāo)和相應(yīng)的得分點(diǎn)(系數(shù))列于表2。術(shù)語列出“收集活動”不是只專注于分析計數(shù),也包括其他雜項標(biāo)準(zhǔn)。

? ? 表2.生物樣本庫活動相關(guān)績效指標(biāo)

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? ? 儲存,供應(yīng),去庫存化活動以及動態(tài)策略

? ? 這些項目包括每年生物樣本采集的數(shù)量(組織,生物體液等)以及每年提供的用于研究項目的樣本數(shù)(“每年去庫存數(shù)”)。這個指標(biāo)很重要重要的,法國國家癌癥研究所(INCA)進(jìn)行的HITB評估過程就是個很好例子。

? ? 測量存儲和供應(yīng)之間的比率的標(biāo)準(zhǔn)依賴于:1)收集的類型(器官,病理學(xué)); 2)生物標(biāo)本的類型(組織,核酸,生物流體等);或3)HITB的全局活動。所存儲的數(shù)據(jù)需要包括每個病人生物樣本收集的數(shù)量。在法國,可使用在蒙彼利埃建立(法國)專有標(biāo)準(zhǔn)評估此類活動。評價的不同收集包括,組織生物標(biāo)本的數(shù)量,血漿/血清,石蠟切片,及患者組織樣本包括組織微陣列。這類細(xì)致的工作對HITB全局活動的客觀評價過程具有實(shí)際作用。

? ? 針對每年不同采集計劃實(shí)施不同的收集策略,以減少或增加每年存儲在HITB的生物標(biāo)本的數(shù)量。這個“動態(tài)的策略方法”與每年采集標(biāo)本支撐的研究項目的數(shù)量以及年度HITB預(yù)算密切相關(guān)。

? ? 如果已有相當(dāng)長的時間內(nèi)沒有項目使用生物樣本,可以刪除對這類標(biāo)本進(jìn)行部分銷毀。

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? ? 人力資源管理

? ? HITB工作隊伍所要求的人員數(shù)量和類型可以從預(yù)先制定的標(biāo)準(zhǔn)來直接確定。樣品周轉(zhuǎn)(存儲在HITB生物標(biāo)本實(shí)際用于研究項目),對預(yù)期工作量和規(guī)劃是非常有用的。盡管對生物標(biāo)本的需求不斷增長,缺乏專門的技術(shù)工作人員(如病理學(xué)家,生物學(xué)家,實(shí)驗(yàn)技術(shù)員,數(shù)據(jù)管理員,秘書),可能會導(dǎo)致HITB進(jìn)行生物樣本建設(shè)遲緩。

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? ? 提供的樣本時間

? ? 從生物標(biāo)本申請到樣本轉(zhuǎn)移到研究員/合作者之間的周轉(zhuǎn)時間(TAT)是整個HITB系統(tǒng)包括HITB團(tuán)隊(主任,數(shù)據(jù)管理者,病理學(xué)家,生物學(xué)家,技術(shù)人員,秘書),以及科學(xué)委員會和醫(yī)院管理(負(fù)責(zé)合同批準(zhǔn)和材料轉(zhuǎn)讓協(xié)定的授權(quán)簽字)的效率的指標(biāo)。

? ? TAT效率通過調(diào)查來進(jìn)行評估:涉及生物標(biāo)本的類型和數(shù)量,不同的生物資源的來源(例如,同一患者的組織,血漿和RNA),及生物樣本相關(guān)的臨床數(shù)據(jù)的數(shù)目和類型來評價。針對不同合同的要求有不同的TATS。

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? ? 生物資源資金成本回收和商業(yè)計劃

? ? 人類生物標(biāo)本的成本回收是很難評估的,這取決于HITB所在的機(jī)構(gòu)。但是,為HITB建立一個“定價政策”是確定在何處以及如何作出投資一個關(guān)鍵因素。這一點(diǎn)在優(yōu)化HITB管理是很重要的。

? ? HITB制定的定價政策必須是由醫(yī)院管理層批準(zhǔn)。在生物樣本正式申請前及研究項目確立前價格標(biāo)準(zhǔn)必須在合同中明確注明。

? ? 清晰的商業(yè)模式對預(yù)期可持續(xù)性的人力費(fèi)用(維持,減少,或增加),對HITB設(shè)備的維護(hù),購買耗材是必要的。

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? ? 動態(tài)監(jiān)測

? ? 其他的雜項指標(biāo),例如每年與私人和/或公共合作方簽訂的合同的數(shù)目可以列入這一類。地方,地區(qū),國家和/或國際學(xué)術(shù)和/或工業(yè)合作方的合作水平也應(yīng)監(jiān)控。

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? ? 科學(xué)產(chǎn)出的相關(guān)指標(biāo)

? ? HITB科學(xué)產(chǎn)出的性能指標(biāo)和相應(yīng)的得分點(diǎn)(系數(shù))在表3中列出。在評估公立醫(yī)院的生物樣本庫的質(zhì)量時,評估這些指標(biāo)是至關(guān)重要的。具體指標(biāo)的使用取決于特定生物樣本庫的目標(biāo)。如果生物樣本庫的主要目標(biāo)是將優(yōu)質(zhì)的人類生物資源轉(zhuǎn)移到學(xué)術(shù)和/或私有的合作方以獲得資金,那么科學(xué)產(chǎn)出不作為相關(guān)的或關(guān)鍵的指標(biāo)。相反地,科學(xué)產(chǎn)出對學(xué)術(shù)生物樣本庫的評估是很重要的。在這種情況下,科學(xué)產(chǎn)出還包括團(tuán)隊的研究專業(yè)性和團(tuán)隊發(fā)展。生物樣本庫發(fā)展轉(zhuǎn)化型研究為HITB團(tuán)隊提供了附加值,通過增加外部合作激發(fā)團(tuán)隊發(fā)展。例如,在法國一項名為“SIGAPS”得分系統(tǒng)(根據(jù)不同的標(biāo)準(zhǔn)如期刊影響因子記錄科學(xué)出版物的軟件系統(tǒng))用于評估醫(yī)院的部門,其中可能包括在HITB。根據(jù)獲得的分?jǐn)?shù),來分配不同的資金給相應(yīng)的團(tuán)隊。

? ? 表3:科學(xué)生產(chǎn)力相關(guān)的生物樣本庫績效指標(biāo)

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? ? 科學(xué)出版物

? ? 該指標(biāo)類別必須明確界定,因?yàn)橥ǔ6己茈y知道HITB對一篇發(fā)表的文章的準(zhǔn)確貢獻(xiàn)。此外,生物資源轉(zhuǎn)讓讓給研究人員后,生物樣本庫很難追蹤樣本的使用和最后結(jié)果。HITB可以采取不同的形式顯示其科學(xué)貢獻(xiàn)。例如,可以在發(fā)表的文章中被列為共同作者;如果生物樣本庫是主要研究者或是文章的相關(guān)貢獻(xiàn)者,文章應(yīng)列出的生物樣本庫成員與生物樣本庫的名稱。

? ? 按照目前的一些科學(xué)期刊要求,列為共同作者的生物樣本庫成員的貢獻(xiàn)應(yīng)在出版物清楚地表明;一般情況下,這種貢獻(xiàn)應(yīng)該比樣本的發(fā)放更具實(shí)質(zhì)性。

? ? 一個生物樣本庫成員(例如,主任,病理學(xué)家,生物學(xué)家,技術(shù)人員)在“致謝”中列出并且HITB合作方也應(yīng)包括在內(nèi)。HITB本身也可以在此部分列出。這些署名安排應(yīng)在合同中明確說明。

? ? 如果利用提供的生物標(biāo)本產(chǎn)生的科研結(jié)果發(fā)表文章,應(yīng)在''材料與方法”部分中列出HITB。

? ? 該BRIF工作組目前正在開發(fā)一系列方法1)基于算法和獨(dú)特的數(shù)字資源標(biāo)識建立用于評估生物樣本資源對科學(xué)研究的作用的工具;2)評估生物資源在文章引用或致謝部分的信息,以追蹤樣本在研究中的使用。生物樣本庫的每一個樣本集將被分配一個數(shù)字標(biāo)識符(DOI),它可以在系統(tǒng)提交給出版物時所使用

? ? 文章的作者應(yīng)遵循BRISQ的建議要求,樣本庫必須提供所有信息并列于BRISQ中(例如,儲存溫度,保存期限,運(yùn)輸溫度等)。

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? ? 影響因素

? ? 科研工作的質(zhì)量和價值與當(dāng)前“科學(xué)引文系統(tǒng)”和該文章出版期刊的聲譽(yù)相關(guān)。每個刊物都有一個影響因子,科學(xué)期刊越有名,影響因子越高。雖然存在其他標(biāo)準(zhǔn)如出版物索引,但是影響因子是最常用來評估研究人員,研究團(tuán)隊和大型組織機(jī)構(gòu)(例如,部門,醫(yī)院,大學(xué))的指標(biāo)。每年的累計影響因子值可以以不同的方式計算(例如,根據(jù)生物庫成員是否列于文章中;根據(jù)生物庫成員在作者之間的排位)。對于存儲在HITB的特殊樣本可統(tǒng)計它的質(zhì)量和數(shù)量作為影響因子,可以用來說明對于特殊的的病理部位或器官樣本收集的采集策略。

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? ? 完成的研究

? ? 有必要對在HITB進(jìn)行研究獲得的專利(如對生物樣本質(zhì)量評價創(chuàng)新的測試)及研究團(tuán)隊通過使用從HITB獲得的生物標(biāo)本獲得的專利進(jìn)行區(qū)分。

? ? 在生物樣本庫或主流科學(xué)的領(lǐng)域書籍或部分章節(jié)都列出了此類內(nèi)容。

? ? 科學(xué)委員會成員組織生物樣本庫的主題會議是科學(xué)活動的一個指標(biāo)。

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? ? 交流

? ? HITB成員在國家和國際會議中進(jìn)行講座和提交海報或所提交的摘要中作者署名是HITB成員可以認(rèn)定是HITB的交流活動。

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? ? 研究經(jīng)費(fèi)

? ? 成功獲得研究經(jīng)費(fèi)是HITB的一個重要指標(biāo),國家和國際經(jīng)費(fèi)需要得到認(rèn)可。另外應(yīng)區(qū)分經(jīng)費(fèi)是由HITB本身活動獲得還是通過與HITB(從HITB中獲得樣本)相關(guān)的研究團(tuán)隊獲得。

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? ? 系數(shù)

? ? 基于每年累積影響因子以及所獲得的經(jīng)費(fèi)計算。

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? ? 對外傳播和交流相關(guān)指標(biāo)

涉及到HITB的對外傳播和交流的性能指標(biāo)及每個指標(biāo)的得分(系數(shù))列于表4。這類不同項目指標(biāo)旨在確定HITB在地方,區(qū)域,國家和國際層面的知名度。隨著世界各地HITBs的數(shù)量正在增加,形成了一個競爭環(huán)境,提高其知名度是樣本庫人員的工作的一個重要部分。

? ? 表4.生物樣本庫對外傳播和交流相關(guān)的績效指標(biāo)

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? ? 認(rèn)證,認(rèn)可和標(biāo)識

? ? HITB認(rèn)證主要與使用生物資源的研究項目相關(guān),而不是直接關(guān)聯(lián)患者醫(yī)療診治。一個生物樣本庫可以通過多種認(rèn)證,如ISO9001質(zhì)量管理體系。NFS96-900是另一個質(zhì)量管理體系,也是一項法國生物樣本庫的專門的認(rèn)證;該規(guī)范可在未來發(fā)展成為一個ISO,或國際標(biāo)準(zhǔn)。

? ? ISO 17025標(biāo)準(zhǔn)提供檢測和校準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)室的能力認(rèn)證,可用于建立樣品轉(zhuǎn)運(yùn)的質(zhì)量。某些認(rèn)證資格,如ISO15189比較合適的醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室;這可以歸因于HITB樣品致力于診斷,預(yù)測預(yù)后和/或住院患者的治療診斷。

? ? 在法國,具有“IBISA”的認(rèn)證說明該生物樣本庫有這方面的技術(shù)平臺,并且它可利用生物標(biāo)本發(fā)展創(chuàng)新項目(例如,核酸提取的改進(jìn))。

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? ? 協(xié)作網(wǎng)絡(luò)和合作

? ? HITB廣泛參與在國內(nèi)和國際協(xié)作網(wǎng)絡(luò),說明該樣本庫在生物樣本庫領(lǐng)域的認(rèn)可程度。全世界存在大量HITB網(wǎng)絡(luò)。在法國,已經(jīng)針對不同類型的生物樣品,如肝或肺腫瘤,淋巴瘤以及肉瘤或間皮瘤的創(chuàng)建了不同的疾病網(wǎng)絡(luò)。

? ? 可以建立一些集中在某一病理疾病的研究項目相關(guān)HITBs的網(wǎng)絡(luò)。通過這些網(wǎng)絡(luò),特定研究項目可集中獲得中罕見疾病的生物標(biāo)本。

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? ? 生物樣本庫協(xié)會成員

? ? 在法國,INCa已經(jīng)組建了一個國家層面的專家小組,以促進(jìn)良好地利用生物標(biāo)本。該小組定期提供在不同領(lǐng)域生物樣本庫的詳細(xì)指導(dǎo),例如為HITB主管和醫(yī)院主管提供樣品定價樣本經(jīng)濟(jì)成本回收的指導(dǎo)。

? ? 近年來已經(jīng)建立多種國際生物樣本庫組織,如生物樣本庫與生物分子資源研究協(xié)會(BBMRI),國際生物與環(huán)境庫(ISBER),以及歐洲,生物保存和生物樣本庫中東和非洲協(xié)會(ESBB)。通過組織專題討論會,以及建設(shè)指南的傳播,這些不同的組織共享HITBs流程和理念,提高HITBs的活動。樣本庫管理者和員工應(yīng)該掌握該領(lǐng)域的最新發(fā)展情況。

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? ? 教育計劃和信息傳播

? ? HITBs的發(fā)展和工作的特殊性導(dǎo)致一個新的職業(yè)發(fā)展。很明顯,HITB的管理必須是由已經(jīng)獲得了必要的知識和技能的“生物樣本庫職員”來完成。在HITBs工作的職員來自各種專業(yè)(例如,病理學(xué)家,生物學(xué)家,技術(shù)人員,數(shù)據(jù)管理,科學(xué)家,質(zhì)量控制,統(tǒng)計學(xué)家),每個行專業(yè)的人都對HITBs作出具體貢獻(xiàn)。 HITB管理人員和工作人員負(fù)責(zé)HITB包括質(zhì)量控制程序,數(shù)據(jù)管理,建立合同和樣本轉(zhuǎn)移協(xié)議和業(yè)務(wù)發(fā)展規(guī)劃的工作。出于這樣的原因,為HITB管理者和員工提供繼續(xù)專業(yè)培訓(xùn)的機(jī)會是很關(guān)鍵的。

? ? 對生物樣本庫專員進(jìn)行不同級別的培訓(xùn),如通過組織不同的HITB內(nèi)部會議;或讀取學(xué)位,如醫(yī)學(xué)或科學(xué)的碩士文憑。舉個例子,法國已建立了致力于生物樣本庫管理的碩士學(xué)位。其他生物樣本庫教育計劃最近也被開發(fā)出來,如國際生物樣本庫教育課程。

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? ? HITB團(tuán)隊的人員能力

? ? 參加HITB培訓(xùn)課程及獲得文憑的人數(shù)能夠證明HITB人員的能力。同樣要考慮到HITB成員的互補(bǔ)能力(例如,醫(yī)藥類,信息學(xué),生物科學(xué)的人員)。

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? ? 綜合或關(guān)聯(lián)相關(guān)技術(shù)平臺

? ? HITBs可以建立整合到HITB內(nèi)的技術(shù)平臺或通過合作與HITB相關(guān)聯(lián)的不同技術(shù)平臺進(jìn)行協(xié)作。

? ? 具體的例子包括核酸提取和質(zhì)量控制(分光光度計,生物分析儀)的平臺;生物病理學(xué)平臺(石蠟包埋組織,組織微陣列,免疫組織化學(xué),原位雜交);分子生物學(xué)平臺(DNA循測序);轉(zhuǎn)錄組學(xué)平臺(掃描儀不同的芯片,生物信息學(xué)的專業(yè)知識);和其他更專業(yè)的平臺,包括激光捕獲顯微切割,原代細(xì)胞培養(yǎng)和蛋白質(zhì)組分析。該指標(biāo)不適用評價那些只進(jìn)行生物樣品的安全存儲的,不參與轉(zhuǎn)化和臨床研究項目的HITBs。

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? ? 市場營銷活動及患者參與

? ? 可以通過不同形式的營銷增加生物樣本庫的知名度。包括建立一個網(wǎng)站,用HITB宣傳冊傳播,并組織會議或發(fā)表關(guān)于HITB的文章。生物樣本庫應(yīng)該在宣傳他們的所有的資源和獲取樣本的流程。參與的患者和HITB委員會患者代表也應(yīng)考慮在內(nèi)。

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? ? 商業(yè)合作伙伴

? ? 這是HITB展示其迅速提供高品質(zhì)的生物標(biāo)本的能力的最重要指標(biāo)之一,也是最具吸引力的指標(biāo)。這個指標(biāo)還可提供樣本庫可持續(xù)性、已有能力以及樣本庫私有資金的證明。與商業(yè)伙伴合作可以通過科學(xué)合作(例如,專利,交流,發(fā)表文章),或無科學(xué)合作可以通過協(xié)議進(jìn)行樣本的轉(zhuǎn)送。但也必須承認(rèn),由于不同地區(qū)的觀念和規(guī)定,一些HITB可能會阻止此類商業(yè)合作關(guān)系的發(fā)展。

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? ? 系數(shù)

? ? 在“對外傳播和交流的指標(biāo)”類別中,我們認(rèn)為應(yīng)為國際網(wǎng)絡(luò)和與商業(yè)伙伴進(jìn)行科研合作賦予相對較高的系數(shù)。

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? ? 利用每個類別的評分系數(shù)對HITB考核的新體系

? ? 評估的等級系統(tǒng)是永遠(yuǎn)不會完美,他們有時結(jié)論也很武斷。然而,基于不同類別的得分系數(shù)整合成綜合大類建立的體系,可以對HITB工作進(jìn)行客觀的評比。最關(guān)鍵的焦點(diǎn)可能是每個項目所確定各系數(shù)的值。系數(shù)分配非常繁雜,但在將來這種情況可能得到改善。根據(jù)使用績效指標(biāo)四個大類中每一類獲得的總的值,可分為五個不同的等級(圖1):A +或'優(yōu)秀'(>200分); A或'非常好''(150-200分); B或'好''(120-150分); C或'適度''(100-120分);和D或“”弱“”(<100分)。

? ? 圖1.利用每個類指標(biāo)的分配系數(shù)制定HITB評估方案的總體建議框架

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? ? 結(jié)論

? ? HITBs“績效指標(biāo)”的建立旨在保障不同操作流程的質(zhì)量,特別是那些獲得簽定或認(rèn)證之前的程序。這些指標(biāo)可以幫助HITB實(shí)現(xiàn)持續(xù)優(yōu)化。以上的詳細(xì)指標(biāo),也可以用于評估HITB其他相關(guān)標(biāo)準(zhǔn),如通過發(fā)表科學(xué)論文的為樣本庫帶來的附加價值。上述列出來的項目不是最終的或是硬性的規(guī)定。我們希望在未來能夠增加標(biāo)準(zhǔn)來全面評估HITB的工作。HITB的研究活動可以用不同方法進(jìn)行評價:根據(jù)轉(zhuǎn)化成果、臨床研究評估,還可根據(jù)其他指標(biāo),如獲取專利,開展咨詢活動和不同的專業(yè)培訓(xùn),以及國家或國際組織的研討會。

? ? BRIF項目的實(shí)施(HTTP//www.gen2phen.org/groups/brif-bio-resource-impact-factor)已經(jīng)為HITBs迅速地確定了指標(biāo)。隨著時間的進(jìn)展,發(fā)布年度進(jìn)展報告(例如,在過去的2年法國要求由INCA列明)是的HITB活動的另一個可作為補(bǔ)充評估指標(biāo)。

? ? HITBs通常不經(jīng)過科學(xué)的評估(例如,在法國,研究機(jī)構(gòu)INSERM或CNRS不進(jìn)行評估)。目前,沒有任何的評級系統(tǒng)可以產(chǎn)生“優(yōu)秀樣本庫”稱號,因此無法通過這種方法來獲得資金。一個可能的原因是沒有對HITBs進(jìn)行包括客觀的標(biāo)準(zhǔn)的評估。因此,建立績效指標(biāo)可能有利于創(chuàng)建這樣一個評估過程。本次審查中采用的系數(shù)是公開討論的,特別是HITB項目類別,未來可能還會修改。事實(shí)上,一些HITBs只是開展特定的樣本采集,存儲和將樣本轉(zhuǎn)送公開或個別的研究者中,這些HITBs往往不能參與科研項目。在這種情況下,生物樣本庫科學(xué)產(chǎn)出相關(guān)的指標(biāo)將不適用。

? ? 提供分級的評分,如A +,A,B,C或D受到“現(xiàn)場操作者”的推崇,因此可以給HITB的工作進(jìn)行概述。其他人可能對評級系統(tǒng)持一種否定態(tài)度。然而,世界各地HITBs的多重性,增加了基礎(chǔ)設(shè)施的整體成本,這對確保工作人員在HITB工作的可持續(xù)性是很重要的。這就迫切需要對HITBs進(jìn)行評估,檢查他們在轉(zhuǎn)化和臨床研究提供高質(zhì)量的樣本功效。在這里所描述的評估HITBs的結(jié)果可以通過不同的方式改善工作,尤其是優(yōu)化特定樣本的收集。不同的HITBs的協(xié)同方案合作,可以獲得大量的高品質(zhì)的生物標(biāo)本支持優(yōu)秀的研究項目。

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